Структура академии определяется задачами и направлениями научных исследований.Высшим руководящим органом является Общее собрание членов академии. В период между работой Общего собрания руководящую деятельность осуществляет Президиум академии – выборный, постоянно действующий коллегиальный руководящий орган академии (далее — Президиум).
Президиум организует и руководит всей деятельностью Академии и правомочен решать любые вопросы её деятельности, кроме вопросов, относящихся к исключительной компетенции Общего собрания Академии.
Председательствующим на заседаниях Президиума является Председатель Президиума академии. Единоличный исполнительный орган, высшее должностное лицо– Президент Академии. В его отсутствие интересы организации представляет заместитель Президента (Первый Вице-Президент Академии).
Общее собрание Региональной общественной организации «Российской академии общественных и фундаментальных наук имени ак. М.В. Ломоносова» является коллегиальным постоянно действующим совещательным органом Академии, созданным в целях стратегического развития и координации научной и научно–технической деятельности Академии.
Ревизор является контрольно-ревизионным органом Академии, избирается на Общем собрании тайным голосованием из числа Членов Академии на определённый срок (5 лет).
Руководители научных направлений Академии возглавляют творческие коллективы учёных, сформировавшиеся в соответствии с утвержденными на Общем собрании академии основными направлениями научных исследований.
Документационное обеспечение заседаний Общего собрания и Президиума Академии осуществляет Главный учёный секретарь Президиума.